Joanes Borda naît le 2 janvier 1942 à Itxassou à la maison Bordabeltzea où ses parents sont métayers. Son père achètera plus tard sa maison natale Pedroenea pour y installer la famille. Joanes est le plus jeune de neuf enfants.
Il fréquente l’école publique de Louhossoa (plus proche de leur domicile que celle d’Itxassou) jusqu’à ses 10 ans. Le curé conseille alors à ses parents de le destiner au sacerdoce. Après trois années à la Maîtrise à Bayonne (1952-1955) où il apprend à chanter, il poursuit ses études au Petit Séminaire d’Ustaritz (septembre 1955 - juin 1960), puis à celui de Dax (septembre 1960 - juin 1962) avant de partir en coopération en Algérie (septembre 1962 - juin 1964).
À son retour, il intègre le Grand Séminaire de Bayonne où ses différends avec la hiérarchie se font de plus en plus évidents. En effet, ils sont quatre compagnons séminaristes (Mañex Pagola, Gexan Alfaro, Beñat Sarasola) à réclamer de longue date une prise en compte de la langue et de la culture basques dans leurs enseignements.
Fin 1967, Mañex Pagola et Gexan Alfaro démissionnent tandis que l’évêque envoie Joanes Borda à Vierzon afin que ce séjour opère en lui un dépaysement psychologique (Beñat Sarasola est expédié à Châtellerault).
Fin 1968, Joanes Borda et Beñat Sarasola sont définitivement renvoyés du séminaire.
Joanes Borda commence alors à travailler comme éducateur à Rivehaute puis monte, avec des réfugiés politiques de Euskadi Ta Askatasuna (ETA), des serres dans lesquelles il travaillera lui-même jusqu’en 1981.
En 1969, il commence aussi à interpréter, avec Beñat Sarasola, des chants écrits par celui-ci.
À partir de 1970, Pampi Lacarrieu, Pier Paul Berçaits et Beñat Davant intègrent le groupe Guk qui se produira jusqu’en 1999 (4 disques et plus d’une centaine de chants) dans de nombreux kantaldi.
Joanes Borda s’est également engagé dans la lutte politique au Pays basque à travers les organisations armées Euskadi Ta Askatasuna-ETA (1969-1973) puis Iparretarrak-IK (1973-1998). Pour lui, le Pays basque est la clé de voute d’un combat dans lequel il associe la famille (marié en 1970, père de trois enfants nés en 1971, 1973 et 1974), le chant, la lutte armée. Son maître-mot est la liberté.